L'histoire des jardins botaniques est étroitement liée à la médecine. Pendant des siècles, ils ont été une source essentielle de traitements pour les malades. Ainsi, la maîtrise de la botanique était indispensable pour les étudiants en médecine, et leur pratique dans ces jardins faisait partie intégrante de leur formation. Les apothicaires y recevaient également leur formation. Le jardin botanique de Nancy a vu le jour sous Stanislas, en même temps que le Collège royal des médecins de Nancy au XVIIIe siècle. À Pont-à-Mousson, cette création est plus ancienne, remontant à la fondation de la Faculté de médecine à la fin du XVIe siècle.
Bien que la date exacte de sa création ne soit pas documentée, le doyen Jadelot (1700-1769) la situe en 1606, peu après la nomination de Charles Le Pois. Des mentions d'un jardin et d'un jardinier apparaissent dans des actes de 1617 et 1623. Ce jardin a permis la création d'une chaire de pharmacie confiée à Claude Haguenier en 1628. Sa gestion a souvent été confiée au doyen en fonction.
Le jardin s'étendait sur la rive gauche de la Moselle, entre le couvent des Antonistes et la collégiale Sainte-Croix, connue aujourd'hui comme la place Saint-Antoine. C'est sur cette rive, considérée comme plus "turbulente", que se trouvaient également les facultés de médecine et de droit.
L'évolution du jardin suivait celle de la faculté. Après un bon départ, il a souffert des épidémies et des guerres, notamment l'invasion de 1670 par le Maréchal de Créqui. Malgré cela, les premiers jardiniers ont été très appréciés : Samuel Philpin, par exemple, avait les mêmes privilèges que les professeurs. Nicolas Guébin, bien qu'un temps révoqué pour ne pas être docteur en médecine, a continué à enseigner avant de devenir doyen en 1692.
En 1699, un rapport signale l'état de délabrement du jardin. Le duc Léopold ordonne alors de le rétablir pour la culture des plantes médicinales. Toutefois, peu d'efforts semblent avoir été faits. En 1708, une nouvelle ordonnance oblige les professeurs à organiser des démonstrations et à emmener leurs étudiants herboriser dans la nature.
L'hiver rigoureux de 1709 met fin à ce premier jardin. Léopold cède le terrain à la ville pour construire un grenier à blé, en réponse à la famine.
En juillet 1719, le duc Léopold alloue un nouveau terrain près du "vieux château" pour le jardin, partagé avec les moines Capucins. Il demande qu'il soit entretenu par un jardinier expert en plantes médicinales. Ce château, aujourd'hui en ruines, a servi de résidence aux ducs de Lorraine.
Buchoz (1731-1807) décrit le jardin avec précision. Il se composait de 16 planches correspondant aux classes de la nomenclature de Joseph Pitton de Tournefort, avec des plantes indigènes et exotiques.
Trois doyens se sont succédé pour le gérer. Guillaume Pacquotte a inauguré la charge, suivi de Maurice Grandclas, qui a amélioré le jardin avec l'aide de François-Nicolas Marquet. Marquet a publié un état des lieux du jardin, recensant 1720 plantes. Joseph Jadelot, dernier doyen, a supervisé le transfert de la faculté à Nancy en 1768, marquant la fin de cette époque.
Pendant cette période, des jardiniers compétents ont assuré l'entretien. Christophe Chevreuse a donné au jardin une renommée européenne avant d'être remplacé par d'autres. Le jardin a finalement décliné, notamment sous Louis Pochard, ne contenant plus que 400 plantes mêlées à des légumes.
À Nancy, le jardin botanique a continué d'évoluer, devenant progressivement le domaine des botanistes scientifiques alors que l'importance des plantes médicinales diminuait.
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